ناتامایسین به طور طبیعی در خاک و در نتیجه تخمیر طبیعی باکتریایی بیولوژیکی وجود دارد. در سال 1954، ناتامایسین توسط دانشمندان DSM در یک نمونه خاک از ایالت ناتال در آفریقای جنوبی کشف شد، و نام آن هم از همین منطقه گرفته شده است. دانشمندان مشاهده کردند که این عامل ضد قارچی با مکانیسم منحصر به فردی که از جذب مواد مغذی جلوگیری می‌کند، رشد مخمرها و کپک‌ها را مسدود می‌کند. این نگهدارنده به دلیل اثربخشی خود در کنترل رشد قارچ ها شناخته شده است و برای بیش از 30 سال در صنایع غذایی استفاده می‌شود. ناتامایسین از تخمیر غوطه‌ور سویه‌های اکتینومیست‌ها مانند Streptomyces natalensis و Streptomyces chattanogenesis تولید می‌شود.
شیمی ناتامایسین
ناتامایسین یک پپتید (پلی ان ماکرولید) ضد میکروبی طبیعی است. عملکرد آن تحت تاثیر تغییرات pH قرار نمی‌گیرد و بر طعم ماده غذایی تاثیر نمی‌گذارد. ناتامایسین حتی در مقادیر بسیار کم (ppm) موثر واقع می‌شود. یک پلی پپتید متشکل از ۳۴ اسید آمینه است. به دلیل وجود چهار پیوند دوگانه در دسته آنتی بیوتیک‌های تتران قرار می‌گیرد. شکل فضایی ترکیب ناتامایسین، استوانه‌ای است. در محدوده pH:3-9 پایداری بالایی دارد. به مواد اکسنده مانند پراکسیدها، کلریدها و فلزات سنگین واکنش نشان می‌دهد. محلول در آب، گلایسیال و متیل پرولیدین است و در الکل‌های بلند زنجیر نامحلول است. تحمل دمایی ناتامایسین شرکت H
